平成7年の阪神・淡路大震災による被害は甚大なものであり、市場全体が地盤沈下し、主要施設も大きな被害を受けましたが、発生後1週間前後で青果部・花き部の取引が再開し、水産物部も1か月前後で取引を再開しました。この間も緊急復旧工事を続け、平成10年3月には、全ての復旧工事が完了しました。
近年となり、少子高齢化、流通構造の変化、食糧消費・小売形態の変化、消費者ニーズの多様化等、卸売市場を取り巻く環境は大きく変化してきています。この変化に対応するため、平成24年3月「経営展望計画」を策定し、「コンパクトで時代に適合した機動性のある卸売市場」をビジョンに掲げ、東部市場は新たな時代へ進んでいきます。